医院始建于1888年，前身为“中华基督教礼贤会东莞普济医院”，是我国最早建立的西医院之一，也是我国第一家德国教会医院。经过130多年的积淀，现已发展成为集医疗、教学、科研及预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院。2020年12月，东莞市人民政府与南方医科大学签订合作共建协议，医院成为南方医科大学附属东莞医院。2021年3月，医院入选广东省高水平医院重点建设医院。2022年1月，BNCT治疗中心项目、科教综合楼和急救中心工程TOD项目正式启动。

医院总占地面积35.73万平方米，建筑面积32.57万平方米，下辖红楼院区、普济院区2个院区，中心门诊部、第一门诊部、第二门诊部3个门诊部，定编床位3100张，实际开放床位3020张，并先后与谢岗医院、石碣医院、市康复医院、黄江医院、望牛墩医院等建立医疗联合体。年门、急诊量近360万人次，出院人次12.6万，手术（含操作）9.6万台次。在岗员工4619人，其中，正高职称218人、副高职称558人，博士72人（其中博士后12人）、硕士535人，享受“国务院政府特殊津贴”专家2名，广东省名中医3名、广东省杰出青年医学人才3名，东莞市特色人才5名、市名医58名、市医学领军人才8名、市医学学科带头人35名、市杰出青年医学人才18名、市医学学科骨干213名。

设有43个临床学科，8个医技科室，拥有呼吸内科、神经内科等11个广东省临床重点专科，1个省“十一五”医学特色专科（肿瘤科），中西医结合肿瘤科等3个省“十三五”中医药重点专科建设项目。拥有1个国家级青年文明号，3个省级青年文明号，8个市级青年文明号。

医院坚持走科教兴院、医教相长之路，是广东省博士工作站、广东省博士后创新实践基地，拥有东莞市重点实验室4个。是南方医科大学、暨南大学、广东医科大学、遵义医科大学医学研究生培养点，南方医科大学附属东莞医院、广东医科大学东莞临床医学院、国家首批住院医师规范化培训基地。承担着中山大学、南方医科大学、广东医科大学等全国10余所高等医学院校的临床教学和实习任务。现有博士生导师6人，硕士生导师40人，兼职教授、副教授及讲师48人。重视科研人才培养、引进和科研投入，已接收进站博士后21人。近5年承担国家、省、市等各级科研课题320项，其中国家自然科学基金9项，广东省基础与应用基础研究省市联合基金重点项目7项；获市级以上科技进步奖13项，发表医学论文约1850篇，其中SCI论文163篇。医院于2012年获得国家药物临床试验机构资格认定，至今已备案药物临床试验专业14个、医疗器械临床试验专业24个，并于2018年建成Ⅰ期临床试验中心。主持和参与Ⅰ类创新药物、国际多中心新药、仿制药生物等效性、新医疗器械、新体外诊断试剂等注册类临床试验项目超过100项。